《十二只猴子》由布鲁斯·威利斯(Bruce Willis)和当时还默默无闻的布拉德·皮特(Brad Pitt)“廉价”出演。两人在影片中的表演一反常态地激烈而又疹人。2035年，地表已不适合人类居住，野生动物漫游在废弃的摩天大楼之间。约四十年前，一种病毒使五百万人丧生，在费城地下的一个实验室，科学家们正准备将赤身裸体的詹姆斯·科尔(lames Cole，Willis饰)送到1996年，以便查明灾变的原因。科学家们承担起了国家机构的责任，但就像《妙想天开》(1985)里笨手笨脚的官僚机构一样，他们也极易出错。科尔没有到达预定的目的地，而是来到了1990年，他被误认为是流浪者，被送往凯瑟琳·雷利医生(DrKathryn Railly，Stowe饰)那接受治疗。在那里，科尔结识了另一位病人杰弗瑞·盖因斯(Jeffrey Goines，Pitt饰)。尽管后来又被送到了一战的战场，但他最终还是来到了1996年，并再次遇到了雷利和盖因斯，此时的盖因斯已经成为了动物权益恐怖组织"十二只猴子军团”的领导人。
厌倦了无休止的时空错位，科尔情愿当一个1996年的精神病人。他喜欢那“干净的”空气那音乐("What a Wonderful World”)，还有漂亮的心理医生。影片最后几分钟，那些之前出现过的镜头和想象中的画面用一种《迷魂记》(Vertigo，1958)式的方式呈现了出来:凯瑟琳戴着金色的假发，一群正在大桥上游行的长颈鹿，科尔垂死的目光中那转瞬即逝的生命火花被哀怨所代替，他又变成了一个孩童，并将再次经历这一角色。科尔的妄想似乎具有传染性，并通过影片最后这几分钟的镜头蔓延到了凯瑟琳和观众的身上。
和吉列姆(Gilliam)其他标志性的影片类似，本片就像装满了蠕虫的罐子，唯一的不同是本片的每部分都不多余。影片受克利斯·马克那时长二十七分钟的大师级作品《堤》(1962)和乔治·罗伊·希尔的《第五屠宰场》(1972)的启发，并大量引用其他影片中的意象和话题。吉列姆眼中的世界是一个庇护所/监狱/审讯室，由冷酷的官僚负责运行，这一世界观和影片所关注的多个问题(生态灾难、流行病、生物武器、动物权益、恐怖主义、监控文化、斯德哥尔摩综合症以及“精神分裂”)紧密地结合在了一起。
庇护所内的镜头通过口吐先知警句的疯狂的盖因斯将《马拉/萨德》(Marat/Sade，1967)和《飞越疯人院》(One Flew Over the Cuckoo’s Nest，1975)融合在了一起。事实上，将本片仅仅看作一部时间旅行恐怖片是对这部影片在哲学和心理学上复杂性的严重低估。
